К основным направлениям деятельности органов безопасности в войсках относятся: контрразведывательная деятельность, под которой понимается деятельность органов безопасности в войсках в пределах своих полномочий, направленная на решение задач по выявлению, предупреждению, пресечению разведывательной и иной деятельности специальных служб и организаций иностранных государств, а также отдельных лиц, преследующей цель нанесения ущерба безопасности Российской Федерации, Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск и воинских формирований, а также их органов управления;

    борьба с преступностью и террористической деятельностью, которая предполагает для органов безопасности в войсках решение задач по: выявлению, предупреждению и пресечению преступлений, отнесенных к подследственности органов федеральной службы безопасности(1);

    выявлению, предупреждению и пресечению террористической и диверсионной деятельности, направленной против Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск и воинских формирований, а также их органов управления; организации и осуществлению совместно с другими государственными органами борьбы с организованной преступностью, коррупцией, контрабандой, незаконным оборотом оружия, боеприпасов, взрывчатых и отравляющих веществ, наркотических средств и психотропных веществ, специальных технических средств, предназначенных для негласного получения информации, а также борьбе с незаконными вооруженными формированиями, преступными группами, отдельными лицами и общественными объединениями, ставящими своей целью организацию вооруженного мятежа, насильственное изменение конституционного строя Российской Федерации, насильственный захват или насильственное удержание власти. 

     К иным направлениям деятельности органов безопасности в войсках относятся: разведывательная деятельность, которая предполагает решение задач по добыванию, обработке и реализации информации о внутренних и внешних угрозах безопасности Российской Федерации, Вооруженных Сил Российской Федерации, других войск и воинских формирований, а также их органов управления.

 

История органов военной контрразведки:
регистрационная служба Военно-статистического отдела Оперативного управления Всероссийского главного штаба (Всероглавштаб) май 1918 - сентябрь 1918

 отдел контрразведки завесы Высшего военного совета отделение Военного контроля Оперативного отдела (Оперода) Народного комиссариата по военным делам (Наркомвоена) май 1918 - сентябрь 1918

 отдел Военного контроля Оперативного отдела (Оперода) Народного комиссариата по военным делам (Наркомвоена) сентябрь 1918 - ноябрь 1918

 отдел Военного контроля (1-й отдел, Отвоенкон) Регистрационного управления Полевого штаба РВСР ноябрь 1918 - декабрь 1918

 Военный отдел ВЧК

 Особый отдел ВЧК

 Особый отдел СОУ ГПУ

 Особый отдел ОГПУ

 4 отделение Особого отдела ОГПУ

 Особый отдел ГУГБ НКВД СССР июль 1934 - декабрь 1936

 5-й (особый) отдел ГУГБ декабрь 1936 - июнь 1938

 2-е Управление НКВД СССР июнь 1938 - сентябрь 1938

 4-й (особый) отдел ГУГБ сентябрь 1938 - февраль 1941

 Третье Управление НКО февраль 1941- июль 1941

 Третье Управление НКВМФ февраль 1941 - январь 1942

 Третий отдел НКВД февраль 1941 - июль 1941

 Управление особых отделов НКВД СССР июль 1941 - апрель 1943

 ГУКР "Смерш" НКО апрель 1943 -

 ГУКР "Смерш" НКВС - март 1946

 ГУКР "Смерш" МВС март 1946 - май 1946

 УКР "Смерш" НКВМФ апрель 1943 - май 1946

 ОКР "Смерш" НКВД апрель 1943 - май 1946

 Третье Главное Управление МГБ СССР май 1946 - март 1953

 Третье управление МВД СССР март 1953 - март 1954

 Третье главное управление КГБ при СМ СССР март 1954 -

 Третье управление КГБ при СМ СССР Третье управление КГБ СССР

 Третье главное управление КГБ СССР

 Главное управление военной контрразведки МСБ

 Управление военной контрразведки (УВКР) МБ

 Управление военной контрразведки (УВКР) ФСК

 Управление военной контрразведки (УВКР) ФСБ

 Управление военной контрразведки (УВКР) Департамента контрразведки (ДКР) ФСБ

 Управление военной контрразведки (УВКР) ФСБ

 

 

В некоторых современных источниках утверждается, что, кроме очевидных успехов в борьбе против немецкой разведки СМЕРШ приобрел в годы войны зловещую славу благодаря системе репрессий против мирного населения, которое находилось в оккупации на временно захваченной немецкими войсками территории СССР или на принудительных работах в Германии.
В 1941 г. И. В. Сталин подписал постановление ГКО СССР о государственной проверке (фильтрации) военнослужащих Красной Армии, бывших в плену или в окружении войск противника. Аналогичная процедура осуществлялась и в отношении оперативного состава органов госбезопасности. Фильтрация военнослужащих предусматривала выявление среди них изменников, шпионов и дезертиров. Постановлением СНК от 6 января 1945 г при штабах фронтов начали функционировать отделы по делам репатриации, в работе которых принимали участие сотрудники органов «Смерш». Создавались сборно-пересыльные пункты для приема и проверки советских граждан, освобожденных Красной Армией. 

C 1941 по 1945 гг. советскими органами было арестовано около 700 000 человек — около 70 000 из них расстреляно. Также сообщается, что через «чистилище» СМЕРША прошло несколько миллионов человек и около четверти из них тоже были казнены. В годы войны был арестован 101 генерал и адмирал: 12 умерли во время следствия, 8 освободили за отсутствием состава преступления, 81 был осужден Военной коллегией Верховного суда и особым совещанием.
Для слежки и контроля над инакомыслием СМЕРШ создал и поддерживал целую систему слежки за гражданами в тылу и на фронте. Угрозы расправы приводили к сотрудничеству с секретной службой и к безосновательным обвинениям против военнослужащих и гражданского населения.
Также сегодня сообщается, что СМЕРШ играл большую роль в распространении сталинской системы террора на страны Восточной Европы, где установились дружеские к Советскому Союзу режимы. Например, сообщается, что на территории Польши и Германии после войны некоторые бывшие нацистские концлагеря продолжали функционировать «под эгидой» СМЕРШ как место репрессий идеологических противников новых режимов (в качестве обоснования приводится информация, что в бывшем нацистском концлагере Бухенвальд ещё несколько лет после войны содержалось свыше 60 000 противников социалистического выбора).

Вместе с тем, репутация СМЕРШ как репрессивного органа часто преувеличивается в современной литературе. Никакого отношения к преследованию мирного населения ГУКР СМЕРШ не имело, да и не могло этим заниматься, так как работа с мирным населением —прерогатива территориальных органов НКВД-НКГБ. Вопреки распространенному мнению, органы СМЕРШ не могли приговорить кого-либо к тюремному заключению или расстрелу, так как не являлись судебными органами. Приговоры выносил военный трибунал или Особое совещание при НКВД.
Заградотряды при органах «Смерш» никогда не создавались, и сотрудники «Смерш» их никогда не возглавляли. В начале войны заградительные мероприятия осуществлялись войсками НКВД по охране тыла Действующей армии. В 1942 г начали создаваться заградительные отряды при каждой армии, находившейся на фронте. Фактически они предназначались для поддержания порядка во время боев. Только во главе заградотрядов Сталинградского и Юго-Западного фронтов в сентябре-декабре 1942 г, стояли работники особых отделов НКВД.
Для обеспечения оперативной работы, охранения мест дислокации, конвоирования и охраны арестованных из частей Красной Армии органам военной контрразведки «Смерш» выделялись: для фронтового управления «Смерш» — батальон, для армейского отдела — рота, для отдела корпуса, дивизии и бригады — взвод.

 Что же касается заградотрядов, то заградительные службы активно использовались работниками «Смерш» для розыска агентуры разведки противника. Например, накануне наступательных операций фронтов большой размах приобретали с участием органов «Смерш» мероприятия по линии заградслужбы. В частности, осуществлялось прочесывание военных гарнизонов, до 500 и более населенных пунктов с прилегающими к ним лесными массивами, производился осмотр нежилых помещений, тысяч заброшенных землянок. В ходе таких «зачисток», как правило, задерживалось большое число лиц без документов, дезертиров, а также военнослужащих, имевших на руках документы, с признаками, указывающими на их изготовление в Абвере.
Военные контрразведчики «Смерш» иногда не только выполняли свои прямые обязанности, но и непосредственно участвовали в боях с гитлеровцами, нередко в критические моменты принимали на себя командование ротами и батальонами, потерявших своих командиров. Немало армейских чекистов погибло при исполнении служебных обязанностей, заданий командования Красной Армии и Военно-Морского Флота.
Всего за годы войны только 4 сотрудника СМЕРШ были удостоены высшей награды — звания Героя Советского Союза.

СМЕРШ принимал активное участие в розыске, задержании и ведении следствия по делам советских граждан, действовавших в антисоветских вооруженных группах, воевавших на стороне Германии, таких как Русская освободительная армия.
Главным противником СМЕРШ в его контрразведывательной деятельности был абвер, немецкая служба разведки и контрразведки в 1919—1944, полевая жандармерия и Главное управление имперской безопасности РСХА, финская военная разведка.
Служба оперативного состава ГУКР СМЕРШ была крайне опасной — в среднем оперативник служил 3 месяца, после чего выбывал по смерти или ранению. Только во время боев за освобождение Белоруссии погибли 236 и пропали без вести 136 военных контрразведчиков. Первым фронтовым контрразведчиком, удостоенным звания Героя Советского Союза (посмертно) был ст.лейтенант Жидков П. А. — оперуполномоченный отделения контрразведки «СМЕРШ» мотострелкового батальона 71-й механизированной бригады 9-го механизированного корпуса 3-й гвардейской танковой армии.
Деятельность ГУКР СМЕРШ характеризуется очевидными успехами в борьбе против иностранных разведок, по результативности СМЕРШ являлся самой эффективной спецслужбой во время Второй мировой войны. С 1943 года до окончания войны одних только радиоигр центральным аппаратом ГУКР СМЕРШ НКО СССР и его фронтовыми управлениями было проведено 186. В ходе этих игр на нашу территорию удалось вывести свыше 400 кадровых сотрудников и гитлеровских агентов, захватить десятки тонн грузов.
Вместе с тем, репутация СМЕРШ как репрессивного органа часто преувеличивается в современной литературе. Вопреки распространенному мнению, органы СМЕРШ не могли приговорить кого-либо к тюремному заключению или расстрелу, так как не являлись судебными органами. Приговоры выносил военный трибунал или Особое Совещание при НКВД СССР. Санкцию на аресты среднего командного состава контрразведчики должны были получать от Военного совета армии или фронта, а старшего и высшего начальствующего состава — от наркома обороны. Вместе с тем СМЕРШ выполнял функцию тайной полиции в войсках, в каждом соединении имелся свой особист, который вел дела на солдат и офицеров, имеющих проблемные биографии, и вербовал агентуру. Зачастую агентура СМЕРША проявляла героизм на поле боя, особенно в ситуации паники и отступления.